In situ sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. Det finns troligtvis möjlighet att förbättra prestandan av den nuvarande base calling-metoden eftersom att metoden är i ett tidigt utvecklingsskede. Vi har genomfört explorativ dataanalys för att undersöka förekomst av systematiska fel och korrigerat för dessa med hjälp av statistiska metoder. Vi har framförallt undersökt tre metoder för att korrigera för systematiska fel:I) Korrektion av överblödning som sker på grund avöverlappande emissionsspektra mellan fluorescenta prober.II) En sannolikhetsbaserad tolkningav intensitetsdata som resulterar i ett nytt kvalitetsmått och en alternativ klassificerare baseradpå övervakad inlärning.III) En utredning om förekomst av cykelberoende effekter, exempelvisofullständig dehybridisering av fluorescenta prober.Vi föreslår att man gör följande saker:Implementerar och utvärderar det sannolikhetsbaserade kvalitetsmåttetUtvecklar och implementerar den föreslagna klassificerarenGenomför ytterligare experiment för att påvisa eller bestrida förekomst av ofullständigdehybridisering.

Breast cancer is the most common tumor disease among women in Sweden. About 7000persons, having a median age of 65, are diagnosed each year with this disease. Withmammography screening, breast cancer can be detected in an early stage which improves theoverall survival (OS). 20-30 % of the breast cancer tumors are overexpressing humanepidermal growth factor receptor 2 (HER2), which is a protein that stimulates cell proliferation.Trastuzumab (Herceptin®) is a humanised monoclonal antibody that targets the HER2-proteinand prevent the signals for cell proliferation.Trastuzumab has earlier been used for treatment of metastatic breast cancer. In the year of 2007trastuzumab was approved for adjuvant treatment of patients who has been medicated withsurgery and/or radiation.The aim of this study was to investigate the effects of adjuvant treatment with trastuzumab inHER2-positive breast cancer patients.

Mitt arbete handlar om mötet mellan rysk konstruktivism och science fiction. Detta har jag gestaltat i ett textilt rum inspirerad av science fictionkarraktären Doktorn ur Doctor Who. Doktorn är en utomjording av en långt mer utvecklad art och från en mer avancerad civilisation än människorna, som reser i tid och rum i sitt tids-och rymdskepp TARDIS. Jag har designat ett rum som är min textila tolkning av TARDIS innersta. Arbetet kretsar kring tankar om gestaltning av en flerdimensionalitet som bara kan anas, inte ses eller förstås.

The Arctic region appears as a pristine remote environment, yet there is increasing evidence that it is greatly impacted by pollution such as lead (Pb) and mercury (Hg). In this environment deposition of Hg has increased threefold since the last industrial revolution. In this study five cryosolic soil profiles within non-sorted circles (NSC) in the Abisko region, northwest of Sweden, has been analyzed to improve our understanding regarding how pollutants are distributed within such type of soil. The soil samples have been analyzed with the use of X-ray fluorescence analysis (XRF), for the measurements of the total concentrations of e.g. lead (Pb) and zirconium (Zr).

Protein is an important component in various milk products and has a crucial role in the final quality. Excluding non-protein nitrogen, bovine milk contains about 3.3% protein whereas about 80% of this fraction consists of casein. There are four major members in the casein family: ?s1-casein, ?s2- casein, ?-casein and ?-casein. Proteolytic enzymes are the cause of degradation of the economically important milk proteins.

Introduction The genetic skin disease epidermolytic ichtyosis is caused by mutations in either keratin gene 1 or 10 and leads to blisters and hyperkeratosis of the epidermis. At cellular level the disease is seen as aggregates in the keratin filaments. Since medicines are hard to investigate and produce mainly due to lack of reproducible model systems, there is no good treatment available for this disease today. In this article we describe how an in vitro model consisting of cells from a stable cell line transfected with expression plasmids to mimic patient cells, may be a possible alternative for screening compounds for therapies. The first step was to generate an expression plasmid required to complete the in vitro model.

Denna rapport behandlar en undersökning vars syfte var att finna en ersättande kemikalie ellermetod till den nu använda metoden för att bryta ner magnetitpartiklar i ett vattenprov för attanalysera dess järnhalt. I den nuvarande metoden används tioglykolsyra för att lösa uppmagnetiten innan analys i ICP-MS (induktivt kopplat plasma ? masspektrometer).Tioglykolsyra är giftig och dessutom påfrestande för analysinstrumenten och därmed inteönskvärd. Försöken i denna utredning utfördes genom att byta ut tioglykolsyran mot saltsyra,svavelsyra eller EDTA, samt att ändra temperatur eller tid i uppvärmning av provet.Utredningen visade att saltsyra inte är en fungerande ersättande kemikalie, att svavelsyramöjligen kan fungera, även om vidare utredning krävs för att finna de optimala förhållandenamellan tid, temperatur och koncentration av syran, samt att EDTA kanske också kan fungera.Utredningen visade även att istället för att analysera i en ICP-MS verkade det som att detskulle kunna fungera att analysera färskvattenprover (prover utan förbehandling) i en AAS(atomabsorptionsspektrometer) med grafitugn. För att veta med säkerhet ifall tioglykolsyragår att ersätta behövs vidare utredning för AAS med grafitugn, svavelsyra och EDTA.

Introduktion: Dental erosion definieras som förlust av tandens hårdvävnad genom en kemisk process som inte involverar bakterier. Dagens förändrade livsstil och kosthållning medför att våra tänder oftare utsätts för kemisk påverkan som kan leda till erosion. Det är flera faktorer som samverkar och dental erosion har en multifaktoriell etiologi.Syfte: Syftet är att beskriva olika registreringsmetoder för dental erosion.Frågeställningar: Vilka metoder kan användas för registrering av initial erosion? Vilka metoder kan användas för registrering av avancerad erosionsskada? Vilka metoder är kliniskt beprövade på patient?Metod: LitteraturstudieResultat: Ett flertal registreringsmetoder fanns beskrivna i litteraturen, merparten var inte applicerbara kliniskt. Registeringsmetoderna som framgick i den beskrivande litteraturstudien var: 3D scanning microscope (IFM), Atomic absorption spectroscopy (AAS), Digital photography (DP), Focus-variation 3D microscopy (FVM), Longitudinal microradiography (LMR), Non-contact confocal laser scanning microscopy (CLSM), Optical assessment, Optical profilometry (OP), Quantitative light-induced fluorescence (QLF), Scanning electron microscopy (SEM), Stylus profilometry (SP), Ultrasound, White light interferometry (WLI) och X-ray diffraction (XRD).Konklusion: Vid registrering av initial erosion krävs analys av tandytans mineralinnehåll samt optiska analyser med hjälp av instrument.

Det har uppmärksammat att det fortfarande förekommer tenn och koppar från båtbottenfärg på fritidsbåtars skrov trots förbud av båtbottenfärger med tennföreningen TBT sedan 1989 och reglering av kopparbaserade färger sedan 1999.Syftet med denna kandidatuppsats är att ge en dagslägesrapport vad gäller förekomst av tenn och koppar på fritidsbåtars skrov.Under våren 2011 har tester på 336 fritidsbåtar i tre vattenområden gjorts med hjälp av en handhållen XRF (X-ray fluorescence, röntgenfluorescens) som genom avläsning av en yta visar halter av olika grundämnen. Testerna utfördes på vinterförvarade fritidsbåtar <12 m hos båtklubbar vid Mälaren, Storsjön och Härnösandskusten. Undersökningen visar att 73 % av båtarna i denna undersökning har halter av tenn och/eller koppar överstigande >2500 ppm, vilket är det för rapporten satta riktvärdet. Det innebär att de skulle kunna tas vidare till kemisk testning med till exempel gaskromatografi kopplad till masspektrometri (GC-MS) för att avgöra exakt vilken substans färgen innehåller. Resultatet visar också att användningen av tennfärger antingen fortfarande förekommer i liten skala eller att gamla tennfärger är så pass starka att de ger utslag genom övermålade färglager.

Cuttings of Lonicera xylosteum L. were treated with willow extract to study the response in rooting capacity. The extracts were prepared by mixing chopped pieces of Salix x smithiana Willd. with water in a warring blender. The investigation comprised 2 types of salix extracts based on differences and dynamics between twigs in winter dormancy and twigs with new shoots. To explore the rooting response, three tests were made.

Inledning Implantatbehandlingar har blivit allt vanligare och material som associeras med implantat är oftast dentalt titan och dentala keramer. Även kompositmaterial förknippas ibland med implantat. Det är inte helt ovanligt att kompositmaterial förekommer vid submukösa implantatbehandlingar och få studier är hittills gjorda på kompositmaterials cytotoxiska påverkan på omkringliggande vävnad. Material och metod Sammanlagt tillverkades 24 stycken provkroppar till studien av två kompositmaterial (Crea.lign och SinfonyTM) och ett fältspatsporslin (Noritake). Tre provkroppar av varje material ytanalyserades med hjälp av optisk interferometri.

In the dog breed Nova Scotia Duck Tolling Retriever (NSDTR) several dogs suffer from joint pain and possibly pain from the muscles. This diffuse disease is called Immune-mediated Non- Erosive Arthritis in Nova Scotia Duck Tolling Retriever. The disease is most likely of autoimmune nature where the etiology still is unknown. The musculoskeletal symptoms of stiffness and shifting lameness are intermittently seen. Some dogs also have dermatological changes and some dogs suffer from pain when opening their mouth. The study included 20 diseased and 20 healthy NSDTR. The purpose was to describe immune-mediated arthritis in NSDTR based on symptoms, results of analysis and effect of treatment. Among the diseased dogs 65% had serum positive for antinuclear antibodies by indirect immunofluorescense (IIF) ANA-test.

Lake Bornsjön is situated 30 km southwest of Stockholm in a rift valley lake and consist three basins outstretched in northwest-southeast direction. The surface area is 6,7 km2 with a maximum depth of 18,3 meters, a mean depth of 9,8 meters and a retention time of the water of 6,5 years. The drainage area is 42 km2 and consists mainly of arable land (ca 1000 ha) and productive forestry land (2500 ha), but in the drainage area there are also restored and fairly newly constructed wetlands.Today the Stockholm area receives its drinking water from Lake Mälaren, but if there would be any pollution of this source, Lake Bornsjön would act as the water source. The area surrounding the lake was bought already in 1899 by Stockholm Stad for protection of the lake and was taken over 1993 by Stockholm Vatten AB. It has been a water protection area from 1988 and it was also accepted as a nature reserve in 1995.

This master thesis deals with two case studies in environmental archaeology and battlefield archaeology focusing on two major events in the late history of the Swedish coastal town Umeå and its nearby village Sävar. Established in the early 1600's, Umeå was known for its export of timber and import of cereals. The town has suffered from numerous fires, the fire in 1888 being the most devastating. Few written records of the town remain from before the 1900's. The latest war in Sweden's history is documented in historical sources and took place at Krutbrånet, Sävar where the Swedish troops suffered defeat against the russian forces in 1809.