Läkemedelsutveckling med hjälp av fragmentscreening
FragmentFragmentscreeningTrombinAffinitetskromatografiMasspektrometriVätskekromatografi-masspektrometriLC-MS
Trombin är ett trypsinliknande serinproteas som har stor del i kroppens reglering av blodets fluiditet och koagulation genom att det klyver faktorer som slutligen leder till att blodet kan koagulera och fibrin bildas. Syftet med det här projektet har varit att syntetisera fragment som designats med datorgrafiska metoder på Astra Zeneca och sedan analysera fragmenten med affinitetskromatografi med trypsin immobiliserad på kiselgelspartiklar. I projektet har även ett nytt koncept prövats, nämligen att analysera reaktionsblandningarna direkt med hjälp av trypsinkolonnen utan att först isolera och rena föreningarna. De designade fragmenten har syntetiserats med standardmetoder, bl.a. har N,N?dicyklohexylkarbodiimid (DCC) använts. DCC är ett kopplingsreagens som kopplar ihop aminer med karboxylsyror genom skapande av en amidbindning, peptidbindning. Ibland då lite mer komplicerade peptider skall göras, kan aminoänden eller karboxyländen skyddas med en skyddsgrupp, för att dessa inte ska reagera under reaktionssteget och för att man ska få den peptiden man är ute efter. Vätskekromatografi-masspektrometri, LC-MS har använts för identifiering av reaktionblandningarna (substanserna). Resultaten visade att två av de framställda föreningarna retarderades på trypsinkolonnen, vilket innebär att de växelverkar med trypsin och att s.k. hits, träffar erhållits. Synteserna verkar ha gått bra, då LC-MS har visat att det är rätt produkt som finns i kolven. Projektet har visat att det går att designa fragment som man syntetiserar och sen analyserar med AFC-MS. AFC-MS har dessutom visat vara en lämplig metod för screening av svagt bindande fragment.