Bakteriella patogener i livsmedel är en av de vanligaste orsakerna till sjukdom hos människa och djur världen över, därför är tillverkning av säkrare livsmedel en viktig uppgift. I dagsläget används oftast odling på selektiva substrat av bakterier för att påvisa patogener och tidsåtgången kan vara upp till en vecka. En molekylärbiologisk metod som kan minska tidsåtgången är Microarrays, där detekteras målorganismen på DNA- eller RNA-nivå. Enkelsträngade oligonukleotider, så kallade sonder, tillverkas dit bakteriegenom, templat, hybridiseras. Sonderna designas så att de är specifika för de bakterier som ska påvisas och fästs i mikroformat på en mikromatris tillsammans med upp till tusentals andra sonder. Templatet som ska hybridiseras till sonden anrikas ofta för att sedan amplifieras via polymeraskedjereaktion. Templaten färgas in för att en scanner ska kunna avläsa resultaten av vilka templat som hybridiserats till vilka sonder och därmed påvisa bakteriella patogener. Syftet med den här uppsatsen är att ta reda på hur Microarrays kan användas för att detektera bakteriella patogener i livsmedel och om tidsåtgången kan minskas.

Kolorektal cancer (CRC) är en av de vanligaste cancersjukdomarna i världen med cirka 1 miljon nya detekterade fall per år. Special AT-rich sequence-binding protein1 (SATB1) är ett celltyp-specifikt kärnmatrix-associerat DNA-bindande protein, vilket utgörs av AT-rika DNA sekvenser. Det har tidigare demonstrerats att en annan medlem i SATB-familjen, SATB2, uttrycks på ett vävnadsspecifikt sätt i normal mukosa i nedre mag-tarmkanalen och i CRC. ?-catenin är en intracellulär mediator i Wnt/?-catenin signaleringsvägen, som spelar en viktig roll i kolorektal carcinogenes.

Kolorektal cancer (CRC) är en av de vanligaste cancersjukdomarna i världen med cirka 1 miljon nya detekterade fall per år. Special AT-rich sequence-binding protein1 (SATB1) är ett celltyp-specifikt kärnmatrix-associerat DNA-bindande protein, vilket utgörs av AT-rika DNA sekvenser. Det har tidigare demonstrerats att en annan medlem i SATB-familjen, SATB2, uttrycks på ett vävnadsspecifikt sätt i normal mukosa i nedre mag-tarmkanalen och i CRC. ?-catenin är en intracellulär mediator i Wnt/?-catenin signaleringsvägen, som spelar en viktig roll i kolorektal carcinogenes.

Background: Mastitis in dairy cattle is a common ailment worldwide. A cause of mastitis can be bacteria such as Escherichia coli. Mastitis is not a deadly ailment and sometimes the dairy cows show no symptoms but if certain virulence genes are present in the bacteria that cause the mastitis, the bacteria can be transmitted to humans and cause severe diseases. The potential presence of enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) in particular would be a major concern for human health.Aim: The aim for this study was to analyze the presence of virulence genes known to be present in E.coli strains isolated from dairy cows with mastitis in Sweden.Method: A Qiagen BIO ROBOT EZ1 was used to purify DNA from 90 bacterial cultures. A panel of virulence genes were amplified and biotinylated from the purified DNA by PCR and an E.coli based DNA microarray was used to detect presumed virulence genes in E.coli.Result: There were no samples that had all the genes traditionally used to classify E.coli as EHEC or potential EHEC.