Undersökning av Ammoniumoxiderande Arkéer i reningsverks slam
Livsformerna på jorden delas systematiskt in i de tre domänerna bakterier, arkéer och eukaryoter. Arkéer är de mikroorganismer som lever i extrema miljöer såsom hetvattenkällor, sjöar med hög salthalt och i miljöer med extrema pH-värden. De kan existera i miljöer där inga andra organismer överlever men förekommer även rikligt överallt runtomkring oss, exempelvis i människans mage och som normalflora i munnen.Vissa bakterier och arkéer har genen för enzymet ammoniak monooxygenas (AMO). Detta enzym spelar en viktig roll vid rening av avloppsvatten genom att oxidera ammonium till nitrit.Syftet med detta examensarbete har varit att detektera arkéer i prover av aktivt slam vilket gjordes genom att optimera en Polymerase Chain Reaction (PCR) baserad metod. Först pelleterades slamproverna via centrifugering för att kunna preparera DNA. Detta DNA användes som templat för optimering av PCR med specifika primers för AMO genen hos arkéer. De PCR produkter som erhölls från det optimerade programmet klonades och transformerades in i Escherichia coli. Därefter sekvenserades PCR produkterna för att identifiera vilka ammonium oxiderande arkéer som fanns i proverna.De amplifierade gensekvenserna visade god överensstämmelse med den förväntade nukleotidsekvensen för arkéer. Samtliga gensekvenser passade bäst in på icke odlingsbara arkéer enligt databasen BLAST. Genom att välja bort icke odlingsbara arkéer i sökningen kunde arkéen Nitrosopumilus maritimus identifieras, vilket är en av få odlade arkéer med AMO-genen sekvens bestämd.