Detektion av Fusobacterium necrophorum med realtids-PCR
Fusobacterium necrophorum är en gramnegativ anaerob bakterie som grupperas i ss. necrophorum och ss. funduliforme. Fusobacterium necrophorum ss. funduliforme har på senare tid misstänkts kunna spela en roll vid vanligare svalginfektioner såsom halsfluss. Syftet med detta arbete var att sätta upp och bepröva en metod för realtids-PCR (Polymerase Chain Reaction) enligt Taqman för att detektera ss funduliforme. Vi undersökte även hur förvaringstiden i transportmedium (Amies kol, Copan) och odlingsmedium (Fastidious Agar Broth) påverkar överlevnaden för F. necrophorum ss. funduliforme och resultatet från realtids-PCR. Bakteriesuspension av varierande koncentration applicerades på provtagningspinnar som direkt inkuberades i medium, varefter en pinne av vardera koncentration utodlades och DNA extraherades för varje dag försöket pågick. En serie 10-spädningar av extraherat DNA från ss funduliforme ,med en lägsta koncentration av 10 DNA-molekyler per µL, användes som standard och positiv kontroll för PCR.Fusobacterium necrophorum ss funduliforme kunde detekteras med realtids-PCR från alla prov under alla dagar försöket pågick, medan odlingarna visade bäst resultat om provet såddes ut inom ett dygn från provtagningen. Realtids-PCR kan därför detektera förekomsten av ss funduliforme efter längre förvaring och bör användas för exempelvis transporterade prover, medan traditionell utodling med fördel kan användas för diagnostering av ss fundulforme då PCR inte ger information om antibiotikaresistens hos isolatet.