Det finns idag fyra mekanismer beskrivna för avstötning av xenotransplantat. Dessa är hyperakut avstötning, akut humoral xenotransplantat avstötning, akut cellulär xenotransplantat avstötning och kronisk avstötning. Hyperakut avstötning medieras av naturliga xenoreaktiva antikroppar, vilka främst är riktade mot antigenet ?-Gal på svinceller och aktiverar komplement systemet (den klassiska vägen). Akut humoral xenotransplantat avstötning medieras också av xenoreaktiva IgM och IgG, som verkar skada xenotransplantatet bland annat genom aktivering av komplementsystemet och endotelceller.