In situ Sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ Sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. Det finns troligtvis möjlighet att förbättra prestandan av den nuvarande base calling-metoden eftersom att metoden är i ett tidigt utvecklingsskede. Vi har genomfört explorativ dataanalys för att undersöka förekomst av systematiska fel och korrigerat för dessa med hjälp av statistiska metoder. Vi har framförallt undersökt tre metoder för att korrigera för systematiska fel:I) Korrektion av överblödning som sker på grund avöverlappande emissionsspektra mellan fluorescenta prober.II) En sannolikhetsbaserad tolkningav intensitetsdata som resulterar i ett nytt kvalitetsmått och en alternativ klassificerare baseradpå övervakad inlärning.III) En utredning om förekomst av cykelberoende effekter, exempelvisofullständig dehybridisering av fluorescenta prober.Vi föreslår att man gör följande saker:Implementerar och utvärderar det sannolikhetsbaserade kvalitetsmåttetUtvecklar och implementerar den föreslagna klassificerarenGenomför ytterligare experiment för att påvisa eller bestrida förekomst av ofullständigdehybridisering.

In situ Sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ Sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. Det finns troligtvis möjlighet att förbättra prestandan av den nuvarande base calling-metoden eftersom att metoden är i ett tidigt utvecklingsskede. Vi har genomfört explorativ dataanalys för att undersöka förekomst av systematiska fel och korrigerat för dessa med hjälp av statistiska metoder. Vi har framförallt undersökt tre metoder för att korrigera för systematiska fel:I) Korrektion av överblödning som sker på grund avöverlappande emissionsspektra mellan fluorescenta prober.II) En sannolikhetsbaserad tolkningav intensitetsdata som resulterar i ett nytt kvalitetsmått och en alternativ klassificerare baseradpå övervakad inlärning.III) En utredning om förekomst av cykelberoende effekter, exempelvisofullständig dehybridisering av fluorescenta prober.Vi föreslår att man gör följande saker:Implementerar och utvärderar det sannolikhetsbaserade kvalitetsmåttetUtvecklar och implementerar den föreslagna klassificerarenGenomför ytterligare experiment för att påvisa eller bestrida förekomst av ofullständigdehybridisering.

Fredriksons Verkstads AB i Vadstena är en modern verkstadsindustri med kompetens främst inom plåtbearbetning, svetsning, skärande bearbetning och systemmontage. Verksamheten kan delas in i de tre delarna kontraktstillverkning, konstruktion och produktion. Kontraktstillverkningen består av serier till livsmedels-, medicinteknisk och verkstadsindustrin. Fredriksons Conveyor Solutions konstruerar egna produkter i form av transportörsystem till livs- och läkemedelsindustrin.Fredriksons kunder ställer i allt högre grad krav på reducerade ledtider och ökad leveransprecision. Syftet med examensarbetet är därför att försöka reducera Fredriksons interna ledtider för ett specifikt produktsortiment.Ett första steg i arbetet med ledtidsreduceringen är att ta fram bra utarbetade prognoser.

Syftet med projektet var att undersöka årstids- och den individuella variationen av normala tarmfloran hos travhästar utfodrade med en grovfoderdiet. Hästar är grovtarmsjäsare med ett komplex mikrobiellt ekosystem anpassat för betning av foder med högt fiberinnehåll och lågt energiinnehåll. För att i framtiden kunna veta och jämföra hur olika fodermedel påverkar och förändrar det mikrobiella ekosystemet i hästens mag- och tarmkanal är det av intresse att även veta hur ekosystemet ser ut hos hästar utfodrade med ett naturligt anpassat foder. En större förståelse om hästens biologi och tarmflora är väsentligt att veta för att undvika och behandla tarmsjukdomar. Från 16 stycken hårt tränade travhästar har träck- och foderprov samlats under ett helt år. Vid 9 tillfällen har prover analyserats från alla 16 hästar för att studera mikrobiotans årstidsvariation samt vid 3 tillfällen för 4 av hästarna har prover samlats in under tre efterföljande dagar och analyserats för att studera mikrobiotans dagsvariation.

I denna genetiska associationsstudie undersöks det eventuella sambandet mellan DLA klass II (hundens MHC klass II) och utvecklandet av autoimmun sjukdom hos Nova Scotia duck tolling retriever. Syftet är att finna eventuella riskalleler eller -haplotyper av generna DLA-DRB1 och -DQA1. DNA från 35 hundar med bekräftad eller misstänkt autoimmun sjukdom, samt från 40 kontroller, används i studien. Hundarna, alla av rasen Nova Scotia duck tolling retriever, kommer från Storbritannien, Sverige, och USA (Boston). Generna DLA-DRB1 och - DQA1 amplifieras ur detta DNA med PCR-teknik och genom Sekvensering fastställs alleluppsättningar hos varje enskild hund. 13 hundar i studien har steroidresponsiv meningit-arterit, 12 har lymfocytär thyroidit och resterande 10 hundar har andra misstänkta autoimmuna sjukdomar, däribland Addisons sjukdom, epilepsi och vitiligo. Steroidresponsiv meningit-arterit (SRMA) är en form av meningit med vaskulit i meningernas blodkärl, med symtom som nacksmärta och feber. Sjukdomen kännetecknas bland annat av ett förhöjt antal leukocyter och antikroppar av typen IgG, IgM och IgA i cerebrospinalvätskan samt en ökad koncentration av IgA i serum. Lymfocytär thyroidit innebär en immunmedierad destruktion av sköldkörteln och är en vanlig orsak till hypothyroidism hos hund.

Science for Life Laboratory:s (SciLifeLabs) användarstöd inom bioinformatik brister inom en del områden som användarutbildning, organisation och kommunikation. För att kunna tillgodose den snabba utvecklingen av biotekniken (till exempel nästa generations Sekvensering) och inte minst SciLifeLab är det viktigt att dessa brister åtgärdas. Efter att ha utfört en serie intervjuer med användare och leverantörer av SciLifeLabs Sekvenseringstjänster har vi kommit fram till sex förslag för att täcka problemen inom de olika områdena. Förslagen sträcker sig från att vara enkla till mer omfattande att implementera. Resultaten är riktade mot SciLifeLabs Sekvenseringsplattform och är utformade för att kunna implementeras i dagsläget samt anpassas till framtida utvecklingar. Vi tror också att förslagen kan, med enkla modifieringar, användas av andra plattformar hos SciLifeLab..

                    Syftet med undersökningen är att ta reda på hur pedagoger i förskola och förskoleklass kan arbeta för att göra barns lärande kring grundläggande taluppfattning lustfyllt i meningsfulla sammanhang. Undersökningen bygger på kvalitativa intervjuer med tre förskollärare och två matematikutvecklare. Vi använde oss av semistrukturerade frågor. Av resultaten framgår att pedagogerna har en medveten och strukturerad planering där barnen utmanas på rätt nivå. Pedagogerna både väcker intresse för matematik och tar tillvara på barnens egna idéer. Det gör att barnens grundläggande taluppfattning stärks på ett lustfyllt och meningsfullt sätt och barnen utvecklar lust att lära och tillit till sin egen förmåga. Slutsatserna av undersökningen är att dialogen mellan pedagog och barn är mycket betydelsefull.

Denna uppsats handlar om de så kallade eulerska graferna och grafer nära besläktade med dessa. En eulersk graf är en graf där det går att traversera alla kanter i grafen så att varje kant förekommer exakt en gång i traverseringen. Den struktur dessa grafer har uppfyller de villkor Euler ställde upp 1735 då han studerade det klassiska problemet med de sju broarna i Königsberg. Både teoretiska aspekter, som cykeldekomposition och kompatibla eulervägar, samt praktiska tillämpningar, som det kinesiska brevbärarproblemet och DNA-Sekvensering (där man använder en de Bruijn-graf) behandlas i den här texten. Här redogörs även för kända och mindre kända metoder för enumeration av eulerska och semieulerska grafer.

Uppsatsen är en kvalitativ undersökning av tre ungdomars arbeten med att göra fotoböcker i gymnasiearbetet. Syftet är att se vilka erfarenheter och upplevelser eleverna har haft av visuellt berättande, processen att göra boken och av fotoboken som arbetsform. De teoretiska perspektiven är fenomenologi, estetiska lärprocesser och teorier om berättande. Metoden som använts är halvstrukturerade intervjuer. Analysen och tolkningen är hermeneutiskt inspirerad.

Bakgrund: Det är viktigt att främja barns fysiska aktivitet, eftersom det leder till många positiva hälsoeffekter. Tyvärr är många små barn idag inaktiva och når aldrig den rekommenderade gränsen på 60 minuters fysisk aktivitet per dag.  Syfte: Att beskriva hur fysisk aktivitet kan främjas bland barn, i åldrarna 2-8 år. Metod: Studien som utfördes var en litteraturstudie där tio vetenskapliga artiklar granskades. Resultaten sammanfattades genom att söka meningsbärande enheter och därefter skapades teman av dessa.

Endometrios,  en  sjukdom  med  symtom  som  smärtor  eller  blödningar  i  samband  med menstruation, börjar ofta i tonåren men diagnostiseras inte förrän flera år senare. Kvinnorna med denna diagnos beskriver ofta att de inte  fått förståelse för sina problem under tonåren. Sjukdomen kan innebära stora besvär  för den drabbade och följder på det fysiska, psykiska och sociala planet kan ses. Syftet var att studera hur unga kvinnor med endometriossymtom upplevde  skolsköterskans  stöd  under  högstadie-  och  gymnasietiden,  för  att  kunna  påverka deras livskvalitet. Via Svenska endometriosföreningens ungdomssektion i Sverige gjordes en kvantitativ   undersökning   med   kvalitativt   inslag.   Ett   frågeformulär   skickades   ut   till föreningens  59  medlemmar,  24  kvinnor  svarade.  Resultatet  visade  att  några  få  kvinnor  var nöjda med den hjälp de fått under skoltiden men de flesta kvinnorna uttryckte att de saknade kunskap,  stöd  och  förståelse  från  skolsköterskan  vilket  ibland  gav  ett  icke  tillfredsställande bemötande.

Mjölksyrabakterier tillhörande släkten Lactobacillus och Bifidobacterium har nyligen upptäckts hos bin och i honungen de producerar och innefattar 13 nya arter[1]. Forskarna arbetar med att ta fram nya snabba och mer pålitliga identifierings metoder för att karakterisera dessa bakterier. I detta projekt undersöktes möjligheten att identifiera dessa bakterier med en ny metod som heter denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC). Metoden bygger på separation av PCR (polymerase chain reaction) amplifierade 16S rDNA fragment i DHPLC [8]. Vid identifiering av bakterier amplifierades olika variabla regioner från 16S rRNA genen, som påvisade efter Sekvensering störst genetisk variation mellan dessa bakterier [1]. Separationen utfördes med ion-pair reverse-phase high presure liquid chromatoghaphy (IP RP HPLC) med delvis denaturering av DNA molekylen.

Ovine black coat colour is determined by the MC1R (Melanocortin 1 receptor) and ASIP (Agouti signalling peptide) genes at the Agouti and Extension loci. The black phenotype is caused by production of eumelanin by melanocytes, whereas yellow-tan or light phenotype is the result of phaeomelanin synthesis. The ovine MC1R gene has two known alleles: the wildtype (E+) and the dominant black (ED) alleles. Two missense mutations (c.218T>A and c.361G>A) constitute ED. The presence of a third allele, the e allele, is proposed and believed to give rise to phaeomelanic phenotype.

Staphylococcus pseudintermedius (S. pseudintermedius) är en opportunist som ingår i hundars normalflora och den bakterie som oftast orsakar pyodermi hos hund. En alltför frikostig användning av antibiotika inom veterinärmedicinen har selekterat fram nya resistenta bakterier som meticillinresistenta S. pseudintermedius (MRSP). Det är en bakterie som i vissa fall visat sig vara resistent mot alla större antibiotikagrupper som används inom veterinärmedicinen.

ABSTRACT. In the late 1960?s all the wolves in Scandinavia went extinct in the wild due to extensive hunting. In 1983 two new wolves immigrated and founded, together with a third immigrant in 1991, the population that exists today. Due to the fact that the population originates from less than a handful of individuals, the genetic variation is small.