Detta examensarbete är framtaget för att utforma moduler till programmet BioSpider som utvecklats vid ADIT avdelningen vid IDA institutionen Linköping Universitet med syfte att förenkla för biologer när de söker information om andra forskares resultat.Det finns ett stort antal databaser som innehåller forskningsdata kring proteiner, reaktioner, signalvägar etc. Exempel på databaser är UniProt, Reactome, IntAct, BioModels och KEGG. Det uppstår problem med att dessa databaser är uppbyggda på olika sätt och ej kan användas på ett universellt sätt, utan kräver individuellt utformning och anpassning för att kunna användas tillsammans med andra databaser.  Det är där BioSpider kommer in, BioSpider är ett program som försöker bygga upp ett träd utifrån olika databaser. Varje databas hanteras individuellt av BioSpider men presenteras på ett universellt sätt i form av ett träd för användaren. Examensarbetets del i BioSpider är att utforma moduler som behandlar ytterligare databaser utöver BioModels som redan stöds i BioSpider.Behovet av att tillgängliggöra stöd för fler databaser var nödvändigt för att kunna visa upp en användbar version av BioSpider med mer än en databas.

Science for Life Laboratory:s (SciLifeLabs) användarstöd inom Bioinformatik brister inom en del områden som användarutbildning, organisation och kommunikation. För att kunna tillgodose den snabba utvecklingen av biotekniken (till exempel nästa generations sekvensering) och inte minst SciLifeLab är det viktigt att dessa brister åtgärdas. Efter att ha utfört en serie intervjuer med användare och leverantörer av SciLifeLabs sekvenseringstjänster har vi kommit fram till sex förslag för att täcka problemen inom de olika områdena. Förslagen sträcker sig från att vara enkla till mer omfattande att implementera. Resultaten är riktade mot SciLifeLabs sekvenseringsplattform och är utformade för att kunna implementeras i dagsläget samt anpassas till framtida utvecklingar. Vi tror också att förslagen kan, med enkla modifieringar, användas av andra plattformar hos SciLifeLab..

This degree project has been carried out in cooperation with Enertech AB in Ljungby and is pilot study to automating all current manual soldering. The soldering process accounts for a large part of the processing cost in the production of a heat pump. The process is also a quality risk and has a major impact on the lifetime of the final product.The Main task of this project has been to evaluate automation of the soldering process, to develop automation solutions and a principle layout, to draw the design changes required for the automation and to calculate the supposed solution.This pilot study has resulted in a suggested automation solution using laser as a heat source for soldering. Calculations of the solution show that a automating a laser soldering cell is very profitable..

Bioinformatics is an interdisciplinary scientific subject which connects biology, biomedicine and information science. Bioinformatics generates new biological knowledge by using computer methods and biological databases and can thereby play an important role for the understanding of diseases and be used for development of new medicines. The appearance of bioinformatics has thereby had a big impact on biomedical research.In this study, I have examined bioscientists' use of bibliographical databases, bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools and their needs of support concerning these resources. I have also examined which support the scientific libraries offer their users concerning bibliographical databases, bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools and have compared it with the needs the libraries think that the users have and the needs the users state that they have.The results from the study show that there is a wish for library support concerning bibliographical databases, bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools. The wishes of the respondents are in contrast to the libraries' view about bioscientists interest concerning bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools.

In situ sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. Det finns troligtvis möjlighet att förbättra prestandan av den nuvarande base calling-metoden eftersom att metoden är i ett tidigt utvecklingsskede. Vi har genomfört explorativ dataanalys för att undersöka förekomst av systematiska fel och korrigerat för dessa med hjälp av statistiska metoder. Vi har framförallt undersökt tre metoder för att korrigera för systematiska fel:I) Korrektion av överblödning som sker på grund avöverlappande emissionsspektra mellan fluorescenta prober.II) En sannolikhetsbaserad tolkningav intensitetsdata som resulterar i ett nytt kvalitetsmått och en alternativ klassificerare baseradpå övervakad inlärning.III) En utredning om förekomst av cykelberoende effekter, exempelvisofullständig dehybridisering av fluorescenta prober.Vi föreslår att man gör följande saker:Implementerar och utvärderar det sannolikhetsbaserade kvalitetsmåttetUtvecklar och implementerar den föreslagna klassificerarenGenomför ytterligare experiment för att påvisa eller bestrida förekomst av ofullständigdehybridisering.