Bioinformatics is an interdisciplinary scientific subject which connects biology, biomedicine and information science. Bioinformatics generates new biological knowledge by using computer methods and biological databases and can thereby play an important role for the understanding of diseases and be used for development of new medicines. The appearance of Bioinformatics has thereby had a big impact on biomedical research.In this study, I have examined bioscientists' use of bibliographical databases, bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools and their needs of support concerning these resources. I have also examined which support the scientific libraries offer their users concerning bibliographical databases, bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools and have compared it with the needs the libraries think that the users have and the needs the users state that they have.The results from the study show that there is a wish for library support concerning bibliographical databases, bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools. The wishes of the respondents are in contrast to the libraries' view about bioscientists interest concerning bioinformatic databases/web sites and bioinformatic tools.

The Center for Genomics and Bioinformatics (CGB) is an academic department at Karolinska Institute. Generally stated, the CGB department is committed to the generation and management of genetic information by approaches aiming at elucidating the connection between genes, protein and function.WiGID is a genome information database that is available through WAP (Wireless Application Protocol).Our version of WiGID is based on WML, PHP and PostgreSQL as a database server.One of the changes on the old WiGID application was the creation of a relational database with seven tables and one view, instead of the file that represented the database on the old version. We also changed the script language from python to PHP.The search engine ability has been extended with three new search alternatives for a user to choose from. Each choice leads to other, sometimes multiple choices.A GUI has been created for the administrator, to be able to insert information into the database.The structure of the search engine is primarily for narrowing down the search result on the phone display, thereby making the search efficient..

In situ sekvensering är en metod som kan användas för att lokalisera differentiellt uttryck av mRNA direkt i vävnadssnitt, vilket kan ge viktiga ledtrådar om många sjukdomstillstånd. Idag förloras många av sekvenserna från in situ sekvensering på grund av det kvalitetsmått man använder för att säkerställa att sekvenser är korrekta. Det finns troligtvis möjlighet att förbättra prestandan av den nuvarande base calling-metoden eftersom att metoden är i ett tidigt utvecklingsskede. Vi har genomfört explorativ dataanalys för att undersöka förekomst av systematiska fel och korrigerat för dessa med hjälp av statistiska metoder. Vi har framförallt undersökt tre metoder för att korrigera för systematiska fel:I) Korrektion av överblödning som sker på grund avöverlappande emissionsspektra mellan fluorescenta prober.II) En sannolikhetsbaserad tolkningav intensitetsdata som resulterar i ett nytt kvalitetsmått och en alternativ klassificerare baseradpå övervakad inlärning.III) En utredning om förekomst av cykelberoende effekter, exempelvisofullständig dehybridisering av fluorescenta prober.Vi föreslår att man gör följande saker:Implementerar och utvärderar det sannolikhetsbaserade kvalitetsmåttetUtvecklar och implementerar den föreslagna klassificerarenGenomför ytterligare experiment för att påvisa eller bestrida förekomst av ofullständigdehybridisering.

Detta examensarbete är framtaget för att utforma moduler till programmet BioSpider som utvecklats vid ADIT avdelningen vid IDA institutionen Linköping Universitet med syfte att förenkla för biologer när de söker information om andra forskares resultat.Det finns ett stort antal databaser som innehåller forskningsdata kring proteiner, reaktioner, signalvägar etc. Exempel på databaser är UniProt, Reactome, IntAct, BioModels och KEGG. Det uppstår problem med att dessa databaser är uppbyggda på olika sätt och ej kan användas på ett universellt sätt, utan kräver individuellt utformning och anpassning för att kunna användas tillsammans med andra databaser.  Det är där BioSpider kommer in, BioSpider är ett program som försöker bygga upp ett träd utifrån olika databaser. Varje databas hanteras individuellt av BioSpider men presenteras på ett universellt sätt i form av ett träd för användaren. Examensarbetets del i BioSpider är att utforma moduler som behandlar ytterligare databaser utöver BioModels som redan stöds i BioSpider.Behovet av att tillgängliggöra stöd för fler databaser var nödvändigt för att kunna visa upp en användbar version av BioSpider med mer än en databas.