I Stockholms innerskärgård, som sträcker sig från Mälarens utlopp i väster till Trälhavet i nordost, är miljögifter och eutrofiering två av de största vattenmiljöproblemen. Situationen har förbättrats i takt med reningsverkens antal och effektivitet men för att uppnå en ?god vattenstatus? krävs fortfarande återgärder. När det gäller effekten av föroreningar är det av stor vikt att känna koncentrationen då denna ofta är avgörande för hur stor påverkan blir. Genom att kvantifiera vattenutbytet mellan källa och recipient möjliggörs prediktion av miljögifters och andra intressanta ämnens koncentration.Syftet med detta examensarbete var att hitta den lämpligaste indelningen av innerskärgårdens fjärdar och med hjälp av dynamisk massbalansmodellering kvantifiera vattenutbytet mellan olika områden i Stockholms innerskärgård.Den konstruerade modellen har beräknat vattenutbytet för fyra sammankopplade bassänger med hjälp av massbalansen för salt (Knudsens relationer).