Uppsats för avläggande av filosofie kandidatexamen iKulturvård, Konservatorprogrammet15 hpInstitutionen för kulturvårdGöteborgs universitet2012:29.

Sepsis är ett allvarligt tillstånd som uppstår när bakterier går från vävnad till blodbanan. Positiva blododlingar odlas på agarplattor och bakterier analyseras med Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-flight Mass spectrometry (MALDI-TOF MS) där prov blandas med en matrix och sedan bestrålas med laser. Proteinerna i provet joniseras och rör sig mot en detektor, vilket ger ett m/z-spektrum som jämförs med referensspektrum i en databas och ett score-värde erhålls över hur väl analyten liknar referensen. Arbetets syfte var att undersöka möjligheten att direktidentifiera bakterier från blod med en viss preparation innan analys med MALDI-TOF MS och på så vis möjliggöra snabbare preliminära svar samt undersöka möjligheten att särskilja Staphylocoocus aureus och koagulasnegativa stafylokocker. Innan analys med MALDI-TOF MS centrifugerades blod från positiva blododlingar blod i flera steg med 5 % natriumkloridlösning (NaCl-metoden).

Sepsis är ett allvarligt tillstånd som uppstår när bakterier går från vävnad till blodbanan. Positiva blododlingar odlas på agarplattor och bakterier analyseras med Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-flight Mass spectrometry (MALDI-TOF MS) där prov blandas med en matrix och sedan bestrålas med laser. Proteinerna i provet joniseras och rör sig mot en detektor, vilket ger ett m/z-spektrum som jämförs med referensspektrum i en databas och ett score-värde erhålls över hur väl analyten liknar referensen. Arbetets syfte var att undersöka möjligheten att direktidentifiera bakterier från blod med en viss preparation innan analys med MALDI-TOF MS och på så vis möjliggöra snabbare preliminära svar samt undersöka möjligheten att särskilja Staphylocoocus aureus och koagulasnegativa stafylokocker. Innan analys med MALDI-TOF MS centrifugerades blod från positiva blododlingar blod i flera steg med 5 % natriumkloridlösning (NaCl-metoden).

Identification of fungi is based on macroscopic observations of morphology and microscopic characteristics. These conventional methods are time-consuming and requires expert knowledge. For the past years Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry has been used for routine bacterial identification in clinical laboratories but not yet in the same extension for fungi. In this study three preanalytic preparation methods for fungi were evaluated in order to shorten the processing time in routine laboratory performance.Clinically relevant strains (n=18) of molds and dermatophytes were cultivated on agar plates and prepared according to the different preparation methods for protein extraction. Each strain was analyzed in quadruplicate by the MALDI Biotyper and the database Filamentous Fungi Library 1.0.The results showed that the genus and species identification rates of the least time-consuming direct extraction method were 33% and 11% respectively.

Betalaktamaser med utvidgat spektrum så kallade Extended Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) är enzymer som produceras av bakterier och som har en avgörande roll ur kliniskt perspektiv då de blir resistenta mot de flesta antibiotika vilket leder till begränsade behandlingsalternativ. För att selektera fram dessa bakterier användes kromogena agarplattor vid odling, vilka selekterade bort jästsvampar och grampositiva bakterier och underlättar detektionen av ESBL-positiva stammar. Syftet med studien var att jämföra tre olika selektiva agarplattor CHROMagar ESBL, ChromID ESBL och CHROMagar C3GR genom att utvärdera deras specificitet och sensitivitet. Totalt användes 130 olika patientprover från feces, blod, sår och urin, vilka valdes ut slumpmässigt ur den rutinmässiga diagnostiken. Proverna odlades på de tre agarplattor.